Im Jahr 2007 hat sich die UR drei Profillinien gegeben. 2010 ist eine vierte Profillinie hinzugekommen. Organisiert werden Forschung und Lehre zu verschiedenen Feldern in der gegründeten Interdisziplinären Fakultät. Mit dieser Institutionalisierung der thematischen Konzentration und der fachübergreifenden Kooperation beschreitet die UR nicht nur wissenschaftspolitisches Neuland. Sie will zu diesen ausgewählten Themen ihre umfassenden Expertisen bündeln und ausbauen. Die Grundlage der intensiven Zusammenarbeit bilden die vier zukunftsrelevanten Themen „Leben, Licht & Materie“, „Maritime Systeme“, „Altern des Individuums & der Gesellschaft“ und „Wissen – Kultur – Transformation“. Die interdisziplinäre Bearbeitung dieser komplexen Problemfelder ermöglicht die Entwicklung neuer Perspektiven, Inhalte und Technologien. Auf diesem Weg will sie innerhalb der nächsten Jahre in die Gruppe der Spitzenuniversitäten Deutschlands aufrücken. 2019 ist die Zielmarke, die das 600-jährige Universitätsjubiläum vorgibt.